江蘇省血吸蟲病防治研究所成立于1950年7月，1959年12月中國醫學科學院江蘇分院寄生蟲病研究所并入本所，啟用“江蘇省寄生蟲病防治研究所”稱謂，實行“一套班子兩塊牌子”管理，為省屬公益一類事業單位，主要承擔全省血吸蟲病、寄生蟲病防治及突發事件應急處理、醫學基礎和應用技術研究、科技情報信息服務、技術培訓與科學普及等職能。作為全省血吸蟲病和寄生蟲病的防治、科研和培訓的技術指導中心，長期以來，在指導開展全省血吸蟲、寄生蟲病防治工作的同時，研究所致力于防治策略及適宜技術的研究和推廣。
2021年起，所內設置血吸蟲病室、瘧疾室、絲蠕蟲病室、信息（健教）中心、全球衛生中心（援外項目辦公室）、編輯部、門診部、中心實驗室、辦公室、組織人事科、財務科、紀檢辦公室、科教科、行政（安保）科和培訓服務中心共15個科室和2個科研創新團隊。在職職工117人，其中專業技術人員105人，高級職稱45人，博士14人，碩士57人。離休干部2人，退休職工102人。
研究所為全國首批碩士學位授予點，同時也是國家博士后科研工作站、江蘇省科普教育基地。建有“國家衛生健康委寄生蟲病預防與控制技術重點實驗室”、“江蘇省寄生蟲與媒介控制技術重點實驗室”、“江蘇省醫學重點學科（醫學寄生蟲學）”和“江蘇省寄生蟲病科普館”。與江南大學無錫醫學院聯合共建“江南大學公共衛生研究中心”，與南京醫科大學公共衛生學院合作共建熱帶病研究中心，聯合培養醫學碩士留學生。2016年10月，研究所認定為“世界衛生組織消除瘧疾研究與培訓合作中心”，成為全球瘧疾消除專業人才培養、學術研討和經驗交流的平臺。累計為國家培養碩士研究生90名，已有5名博士后進站開展研究工作并順利出站。近五年來承擔國家、部省級51項課題，獲科研成果22項，獲得國家專利54項。共發表論文228篇，其中SCI論文82篇，影響因子最高達72.406。
主辦的《中國血吸蟲病防治雜志》創刊于1989年，系我國唯一一本有關血吸蟲病和血吸蟲學研究的專業科技期刊，為中華預防醫學會系列雜志。目前被Medline/Pubmed、化學文摘（CA）、Scopus、Embase、JSTChina、Ebsco等國際重要數據庫檢索，同時被包括中國科學引文數據庫核心庫（C）、《中文核心期刊要目總覽》、中國科技核心期刊等國內重要數據庫收錄。曾獲國家期刊獎提名獎、中國精品科技期刊等榮譽。
研究所建所伊始就開展國際交流與合作，1953年前蘇聯寄生蟲病專家彼德里西娃來所學術訪問，揭開了對外交流的序幕。曾于1988年和1992年兩次獲世界衛生組織/熱帶病特別規劃署（WHO/TDR）機構加強資助，對研究所的發展和人才培養發揮了重要作用。先后與15個國家和地區的60余所國際知名高校和研究機構開展科研合作與交流。2002年起被商務部認定為援外培訓定點單位，開展熱帶病防治援外技術培訓。先后承擔血吸蟲病、瘧疾以及其他傳染病為主題的各類援外培訓班64期，培訓來自亞洲、非洲、南美洲等70多個發展中國家的1955名衛生官員和專業技術人員。2017年起，為積極落實國家中非公共衛生合作計劃，受商務部委托代表國家實施援助桑給巴爾血吸蟲病防治技術合作項目，推廣我國血防工作經驗，為我國公共衛生援外探索相關工作模式。2020年首輪項目結束并取得圓滿成功。
研究所先后獲“江蘇省文明單位”、“江蘇省園林式單位”、“全國地方病防治文明單位”、“全國血防先進集體”、“全國瘧防先進集體”、“全國絲蟲病防治先進集體”、“江蘇省衛生系統先進集體”、“江蘇省愛國衛生先進集體”、“江蘇省優秀科普教育基地”、“江蘇省科技創新發展先進單位”等多項榮譽稱號。
