寄生蟲基因組鑒定平臺（PGIP）：診斷未知寄生蟲感染的有力武器
寄生蟲病仍是全球健康領域的重大挑戰之一，傳統的寄生蟲檢測主要依靠顯微鏡鏡檢，依賴于經驗豐富的專業技術人員，且對低感染度樣本的漏檢率較高。宏基因組測序技術（mNGS）依靠其通量高、無偏倚、隨機的特性，能夠快速、客觀地對樣本中的多種病原體進行“一網打盡”的檢測，在寄生蟲鑒定中具有較高的應用價值。然而，該技術應用于寄生蟲鑒定還存在一定困難，包括需要熟練進行生物信息學分析、參考數據庫存在偏倚，以及缺乏寄生蟲鑒定的標準化分析流程等。
近日，江蘇省血吸蟲病防治研究所在國際熱帶病領域知名期刊《Parasites & Vectors》上發表了題為“PGIP: a web server for the rapid taxonomic identification of parasite genomes”的研究性論著。
該研究開發了寄生蟲基因組鑒定平臺（Parasite Genome Identification Platform，PGIP）。該平臺具有用戶友好的圖形化操作界面和標準化的自動分析流程，可實現對測序數據的快速分析。此外，針對現有其他平臺的寄生蟲參考基因組數據庫質量參差不一的問題，研究還開發了專業的寄生蟲參考基因組數據庫，確保鑒定結果的準確性。
PGIP的參考寄生蟲基因數據庫，包括74種原蟲、206種蠕蟲，共280種寄生蟲參考基因組，且數據庫將實時更新。平臺操作界面為圖形化界面，用戶上傳所需分析的測序文件后，根據頁面指引，點擊申請分析，平臺即開始分析。平臺可自動對數據進行質量控制、拼接、比對等操作，對樣本中可能存在的寄生蟲感染進行快速檢測，當分析完成后即可下載鑒定報告。
目前，PGIP已正式上線（平臺地址：http://pgip.jipd.com:1443/f），并成功完成多例寄生蟲感染的鑒定，降低了臨床醫生和公共衛生人員的技術使用門檻，推動了宏基因組下一代測序技術在常規診斷中的應用。
江蘇省血吸蟲病防治研究所曹俊研究員和劉耀寶副研究員為本文共同通訊作者；江蘇省血吸蟲病防治研究所張嘉堯主管醫師為本文第一作者。
全文鏈接：https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-025-07007-3
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